Abordant différents thèmes et adaptés à chaque niveau d'âge, ces ateliers sont destinés à un éveil sensoriel ou à un approfondissement de différents aspects de la vie marine. Ils sont basés sur des activités pratiques alternant observation, raisonnement et activités d'expression. Ils peuvent précéder ou suivre la visite.
Le service animation / éducation élabore régulièrement des outils pédagogiques en collaboration avec des enseignants :
feuilles de route pour les enfants et fiches pédagogiques pour les enseignants, animateurs ou responsables de centres de loisirs.